Le differenze morfologiche che caratterizzano  l’isola dell’Asinara, determinano una varietà elevata di habitat

In particolare, la bassa profondità e pendenza dei fondali orientali e le caratteristiche meteo-marine più miti di questo versante favoriscono lo sviluppo di estese  praterie a Posidonia oceanica, che ne caraterizzano  questa parte dell’isola.
La posidonia è una pianta endemica del Mediterraneo, costituita da fasci di lunghe foglie  riunite . Le foglie più  giovani sono caratterizzate da una colorazione verde chiara, mentre quelle più vecchie hanno una tonalità verde scuro . I rizomi  profondamente intrecciati  formano particolari strutture chiamate "matte", che possono presentare per effetto della corrente, particolari morfologie. Per questo le praterie hanno un ruolo fondamentale contro l’erosione costiera, perchè solidificano i fondali incoerenti e limitando l’azione delle onde  grazie  l’apparato fogliare e l’effetto barriera delle matte.
La consistenza e la struttura delle praterie di poseidonia vengono considerati indicatori di qualità degli ecosistemi costieri per la loro sensibilità nei confronti di  varie attività antropiche come  l'inquinamento, l'erosione costiera, l'aumento della torbidità e l'azione meccanica dovuta a pesca e ancoraggi.
I posidonietti rappresentano un  elevata biodiversità, nelle quali molte  specie bentoniche e nectoniche,  si nutrono, crescono e si riproducono.
Tra I rizomi possono essere riscontrate  varie comunità tipiche degli  ambienti più profondi,come oloturie, stelle di mare le  Pinne nobilis etc etc 

 l’ittiofauna ricchissima e caratterizzata da  diverse specie, tra cui cavallucci marini, pesci ago, labridi,  salpe, orate, boghe e triglie.
Nell’isola si riscontrauna rilevante  presenza di specie importanti come  l’alga rossa Lithophyllum lichenoides e la patella gigante Patella ferruginea. La prima, inclusa nella lista rossa delle specie protette, è in forte regressione in molte aree del Mediterraneo . Anche  la Patella ferruginea è una specie fortemente minacciata, principalmente a causa dell’eccessivo prelievo. Qui   la  Patella ferruginea risulta in buone condizioni e spesso si ritrovano  individui di notevoli dimensioni (sino a 10 cm di larghezza).
ili lungo i fondali rocciosi, troviamo le specie  tipiche della scogliera. Tra queste alcune rivestono un ruolo economico  particolare per la pesca, come nel caso delle corvine, dei dentici, dei saraghi, delle spigole, degli scorfani, etc etc . L’aragosta (Palinurus elephas) è si ritrova  nella fase adulta a profondità comprese tra 15 e 100 mt all'interno  di  anfratti rocciosi e in meno fondo  nella fase giovanile, durante la qualesi la si può osservare  anche nelle praterie di posidonia. Lungo la costa settentrionale  e ormai assodata la presenza, di esemplari di notevoli dimensioni di cernia bruna, a profondità minori di quelle alle quali si ritrova normalmente in altre aree fuori dell'area marina protetta. da segnalare l'importante  presenza della cicala di mare o magnosa (Scyllarides latus) che è stata inserita nella lista delle specie protette  in quanto fortemente minacciata dal prelievo indiscriminato.sono presenti inoltre altre specie come  murene, gronchi e polpi,  la  notevole presenza nelle acque dell' l’isola dell’Asinara di delfini e altri cetacei, tra i quali balenottere e capodogli, hanno fatto si che l'area sia stata inclusa  all’interno del progetto internazionale di conservazione della fauna pelagica del Mediterraneo, denominato Santuario dei Cetacei.